Fast alle Gottesdienste werden durch Orgelmusik musikalisch gestaltet. Ein Team von drei Organistinnen ist zur Zeit für die Orgelmusik in Bad Holzhausen und in Börninghausen zuständig.

Die gespielte Orgelmusik umfasst Stücke und Lieder seit der Reformationszeit bis in die Gegenwart, klassische Musik und die alten Choräle haben ebenso ihren Platz im Gottesdienst wie moderne Lieder und die Musik zeitgenössischer Komponisten.

Gelegentlich gibt es an den Orgeln auch Konzerte auswärtiger Organisten.